אחד הנושאים הבוערים בישראל ובשיח העולמי בכלל, הוא סוגיית המגדר, האפלייה על בסיסו והמורכבויות החברתיות פסיכולוגיות, תעסוקתיות, סוציולוגיות וקהילתיות שסביב. שיטת מונטסורי במהות שלה, אינה מתעכבת על סוגיית המגדר ובמובנים רבים אף מבטלת אותה במובן זה שהכל מוביל בסוף למהות אחת - "מי אני כבן אנוש אותנטי".